Đền có vị trí Phía Đông hướng ra Bến Đình, Phía Nam giáp đường Bạch Đằng, chân Núi Lớn, Phía Tây hướng ra Bến Đá, Phía Bắc hướng ra Gành rái Long Sơn.
Đền vốn trước đây là đền thờ Bà Mẫu Cửu Thiên Huyền Nữ. Trong tín ngưỡng thờ mẫu của Việt Nam, Mẫu Cửu Thiên rất được kính trọng, đền thờ vì vậy mà được lập nên ở khắp nơi. Chính sự linh thiêng của Mẫu Cửu Thiên mà nhiều người thường tin và tìm đến các thờ, miếu của Người để tiến hành thờ phụng, cúng bái, nhiều người cũng thỉnh hình, ảnh, tượng Mẫu Cửu Thiên để thờ tụng Thánh Mẫu che chở.
Theo tài liệu còn lưu trữ, Đền Mẫu Cửu hình thành từ khoảng năm 1864, ngoài thờ Mẫu còn thờ các vị anh hùng dân tộc như Trần Hưng Đạo, Hai Bà Trưng. Năm 1945, Cách mạng tháng 8 thành công, người dân Vũng Tàu chưa được hưởng nền tự do độc lập được bao lâu thì năm 1946 Thực dân Pháp quay lại đánh chiếm Vũng Tàu, Đền Mẫu Cửu trở thành nơi hoạt động bí mật của nhiều cán bộ cách mạng. Năm 1967 đền bắt đầu được tu sửa lớn từ kinh phí do nhân dân đóng góp.
Năm 1977, Đền thờ Vua Hùng TP Vũng Tàu tọa lạc tại số 01 đường Lê Quý Đôn, phường 1, TP Vũng Tàu (nay là Khách sạn Rex) bị tháo dỡ để bàn giao khuôn viên đất cho công ty OSC quản lý và sử dụng, toàn bộ đồ thờ tự và việc tổ chức lễ giỗ được chuyển về đền Mẫu Cửu, và đổi thành Đền thờ Hùng Vương - Mẫu Cửu như ngày nay.
Theo UBND phường 5 TP Vũng Tàu, Đền Hùng Vương - Mẫu Cửu là cơ sở thờ tự mang tính chất tín ngưỡng dân gian, là nơi chiêm bái của nhiều người, được lưu truyền qua nhiều đời. Đền được hình thành khoảng giữa thế kỷ 19, tại thời điểm đó chỉ là một miếu nhỏ để thờ Bà Mẫu Cửu Thiên. Đến năm 1964 cụ Tư Miễu giao đền cho cụ Phạm Thị Kim làm thủ nhang, cụ Kim sữa chữa nâng cấp thành đền thờ lớn hơn. Qua nhiều thời kỳ sử dụng, đã được tu bổ nâng cấp lớn hơn như hiện nay. Năm 1992 thành lập bản đồ địa chính, Đền Hùng Vương - Mẫu Cửu đứng tên đăng ký thửa đất với diện tích 1.955m2 và sử dụng vào mục đích thờ cúng ổn định cho đến nay. Năm 1999, Thường trực Ủy ban Mặt trận Tổ Quốc Việt Nam TP Vũng Tàu cũng xác nhận: Đền thờ Mẫu Cửu Thiên Huyền Nữ tại số 12 Bạch Đằng phường 5 được tạo dựng đến nay đã trên 135 năm, được xây dựng như ngày nay là do công lao tiền bạc của quần chúng nhân dân, trong đó có công lao của các vị thủ nhang đồng đền. Theo đạo lý truyền thống dân gian, đây là đền thờ chung của nhân dân.
Vào các dịp lễ, đặc biệt là ngày Quốc giỗ 10.3, dù cách xa đất tổ Phú Thọ, nhưng lễ Giỗ Tổ tại đền thờ Hùng Vương - Mẫu Cửu luôn được tổ chức trang trọng. Trải qua hơn một trăm năm, tồn tại xuyên qua 3 thế kỷ, Đền Hùng Vương - Mẫu Cửu giờ đây đã trở thành mảnh đất thiêng liêng để đời đời con cháu nhớ về nguồn cội, đoàn kết để xây dựng quê hương đất nước.
Cũng theo Ban quản lý Đền, thời gian qua, lợi dụng tình trạng Đền chưa có giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, nhiều hộ dân xung quanh đã lấn chiếm đất của Đền, theo đo đạc hiện nay, diện tích của Đền chỉ còn 1.690m2, so với gần 2.000m2 đăng ký thời điểm 1992. Đến nay, việc xác lập chủ quyền theo quy định pháp luật của Đền vẫn còn chưa được giải quyết triệt để, phần nào ảnh hưởng đến việc quản lý, tu bổ, xây dựng và phát huy quang đại của Đền cho các đệ tử, du khách và nhân dân địa phương.
