Qua quá trình điều tra, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an (C01) đã ra quyết định khởi tố bị can, lệnh bắt bị can để tạm giam, lệnh khám xét đối với Trần Đức Hải (sinh năm 1961, trú tại đường Hoàng Cầu, phường Ô Chợ Dừa, quận Đống Đa, thành phố Hà Nội), Phó Cục trưởng Cục Đường thủy nội địa Việt Nam về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”. Các quyết định khởi tố, bắt tạm giam ông Hải đã được Viện kiểm sát nhân dân tối cao phê chuẩn.
Hiện nay, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đang tiếp tục tiến hành điều tra mở rộng vụ án, làm rõ toàn bộ sai phạm của các cá nhân có liên quan.
Trước đó, vào tháng 10 và tháng 12/ 2018 Cơ quan Cảnh sát điều tra - Bộ Công an đã ra Quyết định khởi tố bị can đối với Phạm Văn Thông nguyên Giám đốc Ban Quản lý dự án đường thủy nội địa và Quyết định khởi tố bị can, thi hành Lệnh bắt bị can để tạm giam và khám xét chỗ ở, nơi làm việc đối với ông Vũ Mạnh Hùng, quyền Trưởng phòng Kế hoạch - Đầu tư (Cục Đường thủy nội địa Việt Nam) về hành vi “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”, quy định tại Điều 356, Bộ luật Hình sự năm 2015.
